制藥工程專業培養具有制藥工程方面的知識，能在醫藥、農藥、精細化工和生物化工等部門從事醫藥產品的合成與工藝研究、醫藥產品開發、應用研究和經營管理等方面的高素質研究應用型專門人才。
制藥工程是一個化學、藥學（中藥學）和工程學交叉的工科類專業，以培養從事藥品制造，新工藝、新設備、新品種的開發、放大和設計人才為目標。
制藥工程是一門工程技術科學，主要解決藥品生產過程中的工程技術問題及藥品生產質量管理規范問題，該專業在原精細化工專業基礎上，側重于化學制藥工程，探索藥物制備的基本原理以及實現工業生產的工程技術，包括新工藝、新設備、GMP改造等方面研究、開發、放大、設計、質量控制及優化等。
該制藥工程專業學生主要學習有機化學、物理化學、化工原理、藥物合成化學、制藥工藝學、藥物化學、藥理學、藥劑學、生物化學等方面的基本知識和基本理論，受到化學與化工實驗技能、工程實踐、計算機應用、科學研究與工程設計方法的基本訓練，具有從事醫藥產品的開發與生產的基本能力。